引子
传说在创世之初，地球拥有大片的陆地，由于与太阳的特殊运行轨迹，使得地球每一个角落都四季如春。拥有宇宙中天堂美称的地球此时孕育出了它的第一个文明——盘古。盘古是一个聪明而且热爱思考的种族，他们在武器、能源、人工智能、人造生命等领域有着高深的造诣，而且他们可以通过科技的力量来随意控制时间、空间，甚至生物的思想。可是由于盘古对于科技的无限渴求和对地球无节制的开采，最终导致了地球的第一次崩溃，所有的陆地几乎都沉入海底，而盘古文明也在这突如其来的灾难中灭亡了。
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地球崩溃的几亿年后，在大海中一片群岛上诞生了地球的第二个文明——亚特兰蒂斯，起初他们的国度是由桥梁相连的狭小陆地，后来由于亚特兰蒂斯人偶然得到了盘古文明的遗产，他们开始在天空中建造自己新的领地。但是由于突然扩大的生存空间，亚特兰蒂斯的人口数量开始快速的上升，而其对地球能源的消耗也成几何数增长。最终庞大的消耗，以及亚特兰蒂斯人永远不会满足的贪婪欲望，导致了地球的第二次崩溃，亚特兰蒂斯文明也在自然生态的反复动荡中逐渐消亡。而这个可怜的文明致死都没有认识到灾难是由于自己贪婪造成的，反而将罪过归于是盘古文明的诅咒。
地球的第二次崩溃持续了上亿年时间，在动荡中地球磁场发生了变化，导致了地轴的偏转，地球南北两极出现了极昼极夜的现象，气候也发生了翻天覆地的变化。四季的形成，使地球各部产生了巨大的温差，冷暖空气的对流形成了狂暴的飓风，但是从另一个角度来看这些并不全是坏事。由于温度急降，地球进入了冰川时代，漫长的冰川期将大量多余的水转化成其它形式存储在世界上。海水逐渐的缓落，使得曾经沉入海底的陆地显露出来，而这正给即将到来的第三个文明——人类文明，提供了有利的条件。从此世界进入人类纪元。
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游戏主题
地球的演变史证明，良好的生态环境是地球文明持续发展的前提，所有与之背道而驰的行为终将引发地球文明的彻底毁灭。人类，必须与保卫地球，与一切不择手段、毁灭人类生存家园的邪恶势力战斗到底。
前传
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公元2046年，由于人类对自然资源的过度开采，导致了大陆板块断裂，因此引发的地震和海啸瞬间吞噬了大片陆地，世界人口剧减。华裔船王东方禹在危难关头抛弃了自己所有远洋巨轮上的物资，前往世界各地受灾的地区搭救受难者。幸存的人类在东方禹的带领下，开始重建起自己的家园。
公元2054年，人类同盟正式成立，东方禹以极高的得票率被推选为同盟委员会第一任委员长，之后同盟委员会通过法案，制订了一系列针对环境保护的严格法案，禁止了一切与破坏环境有关的活动。从此人类在东方禹的带领下逐渐走出阴霾，向着美好的明天迈进。
公元2055年9月9日，人类领袖东方禹在主持完毕同盟立法法案正式生效的会议后，向同盟委员会提交了辞去同盟委员长请求信，他希望让更年轻更有能力的人来带领人类走向光明。得知东方禹要辞去同盟委员长职位的消息后，所有人都为这件事感到深深的惋惜。
公元2055年10月1日，共和国民主委员会进行重新选举，而在这一届委员长候选人中有2个人显得格外引人瞩目。希莱姆——深蓝集团继承者，虽然年仅20岁，但是由于其高达180的天才智商和对人类社会、人类发展的独到见解，吸引了大量支持者；东方晟——东方禹次子，虽然他当时也还不到30岁，还没有具备他父亲身上那样的光辉，但是他为人极其谦逊和蔼，并且是其父亲带领人类对抗灾难时的左膀右臂，所以东方晟也受到很多人的喜爱。两者的支持率不分伯仲，正当选举进入到白炽化阶段时，深蓝突然暴出克隆人丑闻，遭到了舆论的猛烈攻击，希莱姆也因此在选举中失败。而挫折仿佛格外青睐年轻人，就在希莱姆竞选失败之后没多久，深蓝的竞争对手雷霆科技和三叶高科趁机开拓市场，导致深蓝失去了大量客户，一度陷入破产的边缘。
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当竞选压力、舆论冲击、市场竞争、内部分歧同时降临在年轻的希莱姆身上时，这个拥有完美主义思想的天才终于崩溃了。希莱姆不顾一切的打开了被亡父视为禁忌的潘多拉之盒，发现里面竟然放着一把拥有怪异风格，做工极其精细的匕首。意志消沉的希莱姆在手里把玩着传家匕首，此时的他想到了死，可是他不甘心，凭什么我这个一世天才，却无法逃脱命运的摆布。他愤然将匕首甩向大理石墙壁，随着啪的一声断裂，从匕首的柄中露出了一张神秘的海图。经过仔细研究，希莱姆发现这竟然是一张记载着亚特兰蒂斯传说的宝图，此时的他仿佛看到了一根救命稻草。希莱姆开始变卖家产，秘密的组织起了一个庞大的水下考古队，他带着自己从小玩到大的好友季文川，开始了前往宝图上所标注的大漩涡地区的旅程。
公元2065年，虽然人类已经制定了严格的环保法案，可是还是发生了一起强烈地震，虽然这次地震没有当年毁灭世界的大地震来得猛烈，但是它却给人类同盟造成了极其严重的损失。这时，失踪了10几年的希莱姆重新回到了人们的视野中。他打开了当年封存起来的深蓝洁净能源，将它们无偿提供给同盟政府使用，并且积极配合政府的救援工作。更让东方晟惊喜的是，希莱姆竟然不计前嫌，提出与雷霆科技和三叶高科共同合作意愿，这样一来，可以化解雷霆和三叶之间因竞争引发的矛盾；二来，为带领人们走出困境提供最有利的帮助。
公元2070年，经过人们的共同努力，社会再次进入稳定。此时早已萌生退意的东方晟找到希莱姆，决定提名他为自己的接班人，可是就在这个时候，一件意想不到的事情发生了。当年与希莱姆一同失踪的季文川突然返回自由之都，将希莱姆的阴谋披露出来。
整个事情的经过是这样的，公元2055年，希莱姆竞选失败，后来他带着一张奇怪的航海图找到了对亚特兰蒂斯文明有着极其浓厚兴趣的自由之都探险家学院高材生的季文川，季文川发现这竟然是一张标有亚特兰蒂斯古都——亚特兰之星，的宝图。于是希莱姆变卖了深蓝的全部家当，组织了个庞大的水下考古团，向海图上所标记的大漩涡挺进。在经历重重惊险，丧失了几乎所有科考队员生命后，他们终于到达了亚特兰之心的核心区域——盘古封印，的所在地。来到盘古封印面前时，他们突然一下子仿佛进入了一个精神的领域，一个声音告诉他们，不要碰触不该知道的秘密，否则将造成世界的毁灭。但同时另一个声音告诉他们，解开封印，一旦拥有盘古的秘密，那个人将成为世界的主宰。希莱姆不顾季文川的极力阻拦，不惜一切代价的解开了封印。刹那间封印释放出了巨大的能量，造成世界的动荡，这就是公元2065年的那场世界级地震的起因。之后阴险的希莱姆携带着被诅咒的盘古科技返回到地面，他残忍的将季文川抛弃在了冰冷的海底。在万分绝望的时候，季文川受到精神力量的指引，用了好多年才学懂了如何运用上古文明的机器，通过时空之门重新回到了人类世界，然后又经历了重重惊险才返回到自由之都，来揭露希莱姆的丑恶嘴脸。
正当同盟委员会决定派专人调查希莱姆的时候，希莱姆突然失踪了，紧接着可怕的事情发生了。希莱姆启动了他运用盘古科技武装出来的大量克隆人战士对同盟政府发起了猛烈的攻击。希莱姆将他的克隆人大军命名为萨玛斯神圣革命军，萨玛斯大军所到之处，家园变成一片废墟，他们还对手无寸铁的人民进行残忍的屠杀，大地之上，一片哀嚎。
虽然萨玛斯的闪电战打了同盟政府一个措手不及，但是由于季文川的远古技术支持和雷霆三叶的鼎力协助，在东方晟的带领下，同盟战士很快扭转了战局。随着人民力量的提升，萨玛斯逐渐陷入失败的局面。
公元2084年，萨玛斯陷入崩溃的边缘，和平的曙光就要照耀大地，可是又一件可怕的事情发生了。萨玛斯的邪恶领袖希莱姆启动了盘古文明制造的超级武器——盘古之轮。随着盘古之轮的升空，其所到之处，一片火海。更严重的是，启动盘古之轮需要巨大的地球核心能量，当盘古之轮吸取地球核心能源的同时，陆地将会塌陷，永久沉入海底，人类世界将被彻底毁灭。在人类面临毁灭的边缘，英雄出现了，一个番号为侠道金刚的异能者小分队冒着生命危险，偷袭了停靠在瓮口地区正在抽取能量的盘古之轮，并成功破坏了其能源供应系统。惊恐的希莱姆，舍弃了盘古之轮的能源仓，驾驶盘古之轮仓皇逃往外太空，但是由于动力缺失，迫降在月球表面。至此人类同盟的叛乱宣告结束，同盟政府将萨玛斯重要人物终身监禁在自由之都东边的迷失岛摩根监狱中。但是同盟政府不知道的是，这些犯人中竟然有一个是希莱姆用自己细胞克隆出来的儿子。
公元2109年，人类历史上最邪恶的魔头希莱姆在他的月球基地孤独的死去，可是他恐怖的阴影并没有因此消失，因为他唯一的儿子小希莱姆现在正关押在迷失岛的摩根监狱中，销声匿迹20多年的萨玛斯又开始蠢蠢欲动起来。
我们游戏中的故事，就要从公元2110年小希莱姆越狱事件开始。